<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span><br></span>Eugene Mirvis, <span><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="1"><i>Tech Lead,</i></font></span></font></span></span><div style="text-align:left"><span><font color="#888888">
                          <font size="1"><span style="color:rgb(0,0,0)">Senior Computational Scientist,<font color="#888888"> <font color="#000000">IMSG @</font></font></span></font></font></span><font size="1"> EMC<br><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)">National Centers for Environmental Prediction,<br></span></font></span></font></span></font></span></span></font></span></font></div><div style="text-align:left"><font size="1">National Oceanic and Atmospheric Administration</font><br></div><div style="text-align:left"><div style="margin-left:40px"><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="1">5830 University Research Ct.</font></span></font></span><font size="1">, NCWCP rm 2183</font><br><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="1">
                          College Park, MD 20740</font></span></font></span><br><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="1">
                          Ph. <a value="+13016833809">301.683.3809</a></font></span></font></span><br></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 12, 2016 at 11:48 AM, Eugene Mirvis - NOAA Affiliate <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:eugene.mirvis@noaa.gov" target="_blank">eugene.mirvis@noaa.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>== <br>NEMS TRAC Ticket #174:New NEMS features: the standalone integrated pre-builds of  Phys and Chem libraries. ==<br><br>----<br><br>1. The current set of the upcoming  commits for the NEMS trac ticket #174 provides a standalone capabilities for NEMS isolated physics and chemistry separately.<br><br>2. The phys and chem library sources and build system will be located now as the sub-projects of nceplibs in EMC repository, inheriting all NEMS development history as a regular nceplibs sub-projects, contain branches, tags and the trunks, tagged currently as v10.0.10, accordingly of the NEMS restructuring history.<br><br>3. Both: phys and chem are using the same configuration NEMS procedure, therefore, each has NEMS conf directory as the external links to the nems conf disrectory for now. That secures consistency of configurations between phys, chem, and NEMS framework.<br><br>4. A dual built capability is provided for the both phys and chem libraries:1) as the stand-alone installations 2) the builts within a traditional NEMS structure for phys and chem development process.<br><br>5. That selection is provided via the two external parameters: $PHYS_MODE and $CHEM_MODE.<br>If these parameters are set as “compile ”the built system assumes full compilation if such library. In this case a directory chem source should have an external link to chem at the “src” while the phys dir an external link at src/atmos level, defined at the subversion properties at NEMSLegacy externals. By default, both will be set to “compile” by now, as currently agreed with component code manager and will be assigned and are located in configuration files in conf directory for Theia and WCOSS.<br><br>6. If these options are set to use of the pre-built libraries on operational and R&amp;D EMC machines are needed to be exercised, $ PHYS_MODE and/or $CHEM_MODE the value of these parameters must be changed to any other than “compile”. In this case, NEMS’s makefile will be acting accordingly to use pre-built libraries on each machine and the source code within NEMS structure is not necessary to be checked out.<br><br>7. The pre-built PHYS and CHEM libraries locations :                           <br><br>The pre-built libraries are available on  Theia &amp; WCOSS at the following locations:<br>On Theia:<br>/scratch3/NSEPDEV/nceplibs/dev/<br>      phys, chem, phys_full and chem_full<br>The builds of phys and chem contain the pre-builds with an option of GOCART_MODE=stub while phys_full and chem_full contain pre-builds with the GOCART_MODE=full.<br><br>On WCOSS, the locations of the similar builts are at: <br>/usrx/local/mceplibs/dev/<br>      phys, chem, phys_full and chem_full consecutively.<br><br>You can link against each of these libraries directly but you have to change the values of PHYS_MODE and CHEM_MODE from the “compile” to, perhaps &quot;prebuild&quot; in the NEMS conf/configure.nems.Theia* and conf/configure.nems.WCOSS* files. That will automatically assume in the NEMS makefile the pre-built location paths are activated on each site<br>.<br>8. The chem and phys modulefiles______________________<br>In order to conveniently manipulate with different options of use, for installation procedure and for regression testing; and also to support the NCEPLIBS computing environment flexibility and version standards, phys and chem modulefiles have been created. These modulefiles are also residing under EMC repositiory as the NEMSmodulefiles sub-project of the nceplibs project and are also available on Theia and WCOSS currently under:<br>/scratch3/NCEPDEV/nceplibs/dev/NEMS modulefiles,<br>and<br>/usrx/local/nceplibs/dev/NEMS modulefiles, consecutively, until an operational implementation of the phys and chem @ nwprod will occure<br></div>Also at the repository :<br><a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/Modules/NEMSmodulefiles/" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/Modules/NEMSmodulefiles/</a><br><div><br>9. Phys and Chem installation and version control procedures________________________<br>The installation of the phys and chem are simplified to :<br>a) Checking out need version, dev branch, tag or the phys trunk of the development<br>b) gmake clean<br>c) running ./Install script <br>Commit procedure to the phys and chem trunks should be address to the phys and chem code manager.<br> <br>10. Expected file changes in reintegration:<br>10.1. CHEM:<br>[Eugene.Mirvis@t14a1 chem_trunk]$ svn merge --dry-run --reintegrate <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/chem/branches/Euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/chem/branches/Euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD</a><br>--- Merging differences between repository URLs into &#39;.&#39;:<br>A    ESMFVersionDefine_ESMF_NUOPC.h<br>A    configure<br>A    Compile_theia.log<br>A    ESMFConvenienceMacros.h<br>A    InstallM<br>A    Modulefiles_chem<br>A    Modulefiles_chem/Modulefiles_phys<br>A    Modulefiles_chem/chem<br>A    Modulefiles_chem/chem/10.0.7<br>A    Modulefiles_chem/chem/10.0.1<br>A    Modulefiles_chem/chem/10.0.10<br>A    Modulefiles_chem/chem/build10.0.10<br>A    Modulefiles_chem/chem/10.0.2<br>A    Compile_wcoss.log<br>A    Install<br>A    detect_machine1.sh<br>A    clean.h<br>A    makefile_std1<br>A    makefile_std2<br>U    makefile<br> U   .<br>No textual conflicts are expected<br><br>10.2 PHYS reintegration_____________________________:<br><br>Phys directory contains 2 externals for now (that reflects what was insisted by the MESO group and accepted by M.Iredell for now)<br>[Eugene.Mirvis@t14a1 phys]$ svn propget svn:externals<br>conf <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD/src/conf" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD/src/conf</a><br>nmmbphys <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nmmb/trunk/nmmbphys" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nmmb/trunk/nmmbphys</a><br><br>Reintegration:<br>[Eugene.Mirvis@t14a1 phys_trunk]$ svn merge --dry-run --reintegrate <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/phys/branches/Euge/ncepphys_trunk_NEMSLegacy_1physMD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/phys/branches/Euge/ncepphys_trunk_NEMSLegacy_1physMD</a><br>--- Merging differences between repository URLs into &#39;.&#39;:<br>A    nmmbphys_Cln<br>A    share<br>A    share/mkDepends.pl<br>A    Install<br>A    ESMFVersionDefine_ESMF_NUOPC.h<br>A    Compile_theia.log<br>A    include<br>A    include/ESMFVersionDefine_ESMF_NUOPC.h<br>A    include/ESMFVersionDefine.h<br>A    include/configure.nems_univ<br>A    include/ESMFVersionLogic.h<br>A    include/NCEP_base.mk<br>A    include/ESMFVersionDefine_ESMF_6.3.0rp1API.h<br>A    include/NUOPC.inc<br>A    include/ESMFVersionDefine_ESMF_3.h<br>A    include/kind.inc<br>A    Compile_wcoss.log<br>A    Install0<br>A    nmmbphys_Get<br>U    makefile<br>A    configure<br>A    detect_machine1.sh<br>A    makefile_TODO<br>A    mersenne_twister.f<br>A    makefile_std1<br>A    idea_composition.f<br>A    Install_gsm<br>A    Install_nmm<br> U   .<br><br>No textual conflicts are expected<br><br>10.3 NEMS_reintegration:<br>[Eugene.Mirvis@t14a1 nems_trunk]$ svn merge --dry-run --reintegrate <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD</a><br>--- Merging differences between repository URLs into &#39;.&#39;:<br>U    tests/Compile_theia.log<br>U    tests/rt.conf<br>U    tests/RegressionTests_theia.log<br>U    src/configure<br>U    src/atmos/share/makefile<br>D    src/chem<br>D    src/atmos/share/idea_composition.f<br>D    src/atmos/phys<br>D    src/atmos/share/mersenne_twister.f<br>U    src/atmos/makefile<br>U    src/conf/modules.nems.Wcoss_ESMF_700_nmmb<br>U    src/conf/configure.nems.Theia.intel<br>U    src/conf/configure.nems.Theia.intel_gsm<br>U    src/conf/configure.nems.Theia.intel_nmmb<br>U    src/conf/configure.nems.Wcoss.intel_gsm<br>U    src/conf/configure.nems.Wcoss.intel_nmmb<br>A    src/conf/modules.nems.Theia_ESMF_700_gsm<br>A    src/conf/modules.nems.Theia_ESMF_700_nmmb<br>U    src/conf/modules.nems.Wcoss_ESMF_700_gsm<br>D    src/conf/modules.nems.Theia_ESMF_7_gsm<br>D    src/conf/modules.nems.Theia_ESMF_7_nmmb<br>A    src/detect_machine1.sh<br>A    src/detect_machine.sh<br>U    src/makefile<br> U   src<br> U   .<br><br>No textual or tree conflicts<br>10.4 GSM_reintegration<br>[Eugene.Mirvis@t14a1 gsm_trunk]$ svn merge --dry-run --reintegrate <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/gsm/branches/Euge/gfs_NEMSLegacy1physMD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/gsm/branches/Euge/gfs_NEMSLegacy1physMD</a><br>--- Merging differences between repository URLs into &#39;.&#39;:<br> U   module_GFS_GRID_COMP_stub.F90<br> U   module_GFS_INTEGRATE.F90<br>U    phys/makefile<br> U   phys<br>U    libutil/makefile<br> U   libutil<br> U   module_GFS_GRID_COMP.F90<br> U   module_GOCART_ROUTINES_stub.F90<br> U   module_GFS_CORE_SETUP.F90<br> U   module_GOCART_ROUTINES.F90<br> U   dyn/gfs_dynamics_initialize_slg_mod.f<br>U    dyn/makefile<br> U   dyn<br>UU   makefile<br> U   module_GFS_INTERNAL_STATE.F90<br> U   .No text conflicts are expected or result change <br><br>10. 5 <br>[Eugene.Mirvis@t14a1 nmmb_trunk_reint]$ svn merge --dry-run --reintegrate <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nmmbtrunk_MD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nmmbtrunk_MD</a><br>--- Merging differences between repository URLs into &#39;.&#39;:<br>U    nmmbphys/makefile<br>U    makefile<br>No text conflicts expected<br><br>After that, src/atmos/phys and src/chem. Are going to be deleted from NEMS and introduced on NEMSLegacy level as the subversion external properties as the following:<br><br><br>[Eugene.Mirvis@t14a1 NEMSLegacy_1physT_MDg]$ svn propget svn:externals<br>NEMS                  <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD</a><br>NEMS/src/atmos/gsm    <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/gsm/branches/Euge/gfs_NEMSLegacy1physMD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/gsm/branches/Euge/gfs_NEMSLegacy1physMD</a><br>NEMS/src/atmos/nmm    <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nmmbtrunk_MD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/branches/euge/nmmbtrunk_MD</a><br>NEMS/src/atmos/phys   <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/phys/branches/Euge/ncepphys_trunk_NEMSLegacy_1physMD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/phys/branches/Euge/ncepphys_trunk_NEMSLegacy_1physMD</a><br>NEMS/src/chem         <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/chem/branches/Euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/chem/branches/Euge/nemstrunk_NEMSLegacyMD</a><br><br>For now<br>Or after the commit:<br>NEMS                  <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/trunk" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/trunk</a><br>NEMS/src/atmos/gsm    <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/gsm" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/gsm</a><br>NEMS/src/atmos/nmm    <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/trunk" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nems/trunk</a><br>NEMS/src/atmos/phys   <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/phys/trunk" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/phys/trunk</a><br>NEMS/src/chem         <a href="https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/chem/" target="_blank">https://svnemc.ncep.noaa.gov/projects/nceplibs/chem/</a><br><br>With associated revisions on the head of the trunks<br><br>11. Working (tested) directories<br>All 4 full sets of the 45 regression tests have been PASSED now.<br>There are 2 working directories have been tested on each machines, tested with the options a) to compile phys and chem within traditional structure $PHYS_MODE=compile, $CHEM_MODE=compile ( are default for now) and <br>b) tested with the pre-build phys, chem., phys_full and chem._full libraries :<br>With the phys and chem. prebuild options PHYS_MODE=compile CHEM_MODE=compile:<br>      On Theia:<br>PHYS_MODE=compile<br>CHEM_MODE=compile<br>      <br>/scratch4/NCEPDEV/nems/noscrub/Eugene.Mirvis/NEMSLegacy_1physT_MDg<br><br>On WCOSS __________:<br>PHYS_MODE=compile<br>CHEM_MODE=compile<br>/gpfs/td1/emc/global/noscrub/Eugene.Mirvis/NEMS/NEMSLegacy_1physT_MDg<br><br>With the phys and chem. prebuild options:<br>PHYS_MODE=prebuild <br>CHEM_MODE=prebuild:<br>On Theia:<br>/scratch4/NCEPDEV/nems/noscrub/Eugene.Mirvis/NEMSLegacy_1physT_MD_prebld<br>On WCOSS :<br>/gpfs/td1/emc/global/noscrub/Eugene.Mirvis/NEMS/NEMSLegacy_1physT_MDg_prebld<br>All full regression tests have been passed in all 4 directories. No results changes.<br><br>GSM , NMMB code manages and NEMS team please observe upcoming changes in 24 hrs and contact me if you have any questions<br><br>Thank you,<br><br>-Eugene<br><br><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span>---<br></span>Eugene Mirvis, <span><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="1"><i>Tech Lead,</i></font></span></font></span></span><div style="text-align:left"><span><font color="#888888">
                          <font size="1"><span style="color:rgb(0,0,0)">Senior Computational Scientist,<font color="#888888"> <font color="#000000">IMSG @</font></font></span></font></font></span><font size="1"> EMC<br><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)">National Centers for Environmental Prediction,<br></span></font></span></font></span></font></span></span></font></span></font></div><div style="text-align:left"><font size="1">National Oceanic and Atmospheric Administration</font><br></div><div style="text-align:left"><div style="margin-left:40px"><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="1">5830 University Research Ct.</font></span></font></span><font size="1">, NCWCP rm 2183</font><br><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="1">
                          College Park, MD 20740</font></span></font></span><br><span><font color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="1">
                          Ph. <a value="+13016833809">301.683.3809</a></font></span></font></span><br></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>
</blockquote></div><br></div></div>