<div dir="ltr">Moorthi,<div><br></div><div>When running with the NGGPS ICs, mountain=.false. is needed.  Otherwise as you&#39;ve found, the model will try to build it&#39;s own topography, when you really want the topography from the orography maker.  It is for a restart that mountain must be set to .true. so as to preserve the original topography.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">Rusty</div><div style="font-size:12.8px">--</div><div style="font-size:12.8px">Rusty Benson, PhD</div><div style="font-size:12.8px">Modeling Systems Group</div><div style="font-size:12.8px">NOAA Geophysical Fluid Dynamics Lab</div><div style="font-size:12.8px">Princeton, NJ</div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 14, 2017 at 7:33 PM, Shrinivas Moorthi - NOAA Federal <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:shrinivas.moorthi@noaa.gov" target="_blank">shrinivas.moorthi@noaa.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Rusty,<br></div>   I am a bit confused.  I have been running all this time with &quot;mountain=.false.&quot;<br></div>But now I set &quot;mountain=.true.&quot; and my job crashed with<br>&quot;Rank 3 [Fri Apr 14 23:25:03 2017] [c5-0c2s12n0] application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 3<br><br>FATAL from PE     0: surfdrv: surface file INPUT/<a href="http://topo1min.nc" target="_blank">topo1min.nc</a> not found !&quot;<br><br></div>This is something new.  How am I to specify  orography?<br></div><div>Or do I have to really set &quot;mountain=&#39;false.&quot;?<br></div>Thanks<br></div>Moorthi<br><div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 14, 2017 at 2:47 PM, Rusty Benson - NOAA Federal <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rusty.benson@noaa.gov" target="_blank">rusty.benson@noaa.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">I&#39;m copying this email trail to the mail list for everyone to benefit regarding the changes for restart runs.  Let me know if anything is unclear.<div><div><br></div></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><div>na_init determines how many backward/forward adiabatic preconditioning steps there are for the ICs.  This only needs to be done for the ICs and not any restart.</div></div><div><div><br></div></div><div><div>make_nh control whether to re-initialize thel non-hydrostatic variables &quot;w&quot; and &quot;dz&quot;.  For a restart, these do not need to be initialized as they are part of the restart files.</div></div><div><br></div><div>external_ic determines whether the data is coming from restarts or from an external source:  NGGPS, ECMWF, NCEP, etc.</div><div><br></div><div>nggps_ic is a further refinement regarding the type of external IC being utilized.</div><div><br></div><div>mountain deals with terrain.  If set to .false. flat-earth is assumed (phis=geopotential=0)</div><div><br></div><div>warm_start determines whether restart files are expected or not.</div></blockquote><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">Rusty</div><div style="font-size:12.8px">--</div><div style="font-size:12.8px">Rusty Benson, PhD</div><div style="font-size:12.8px">Modeling Systems Group</div><div style="font-size:12.8px">NOAA Geophysical Fluid Dynamics Lab</div><div style="font-size:12.8px">Princeton, NJ</div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 12, 2017 at 11:38 PM, Fanglin Yang - NOAA Affiliate <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:fanglin.yang@noaa.gov" target="_blank">fanglin.yang@noaa.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Jun,<br><br></div>I made another try with phy_data* included. The warm restart run with NSST appeared to be working.<br></div>STMP: /gpfs/hps/stmp/emc.glopara/fv3<wbr>test2017041100gfsfcst1<br></div>ROTDIR: /gpfs/hps/ptmp/emc.glopara/prf<wbr>v3test/gfs.20170411<br><br></div>Although I am using the following settings<br><br><b>set <span class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747m_1672955237048924081gmail-m_-4085239036985095557m_2477262274035354043gmail-il">make_nh</span> = &quot;.T.&quot;<br>   set nggps_ic = &quot;.T.&quot;</b><br>   set mountain = &quot;.T.&quot;<br>   set external_ic = &quot;.F.&quot;<br>   set warm_start = &quot;.T.&quot;<br> <b>  set na_init = 1<br><br></b></div><b>So why do we need to change make_nh, nggps_ic and na_init to different values from cold to warm start?<br><br></b></div><b>Fanglin<br></b></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 12, 2017 at 10:54 AM, Jun Wang - NOAA Affiliate <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jun.wang@noaa.gov" target="_blank">jun.wang@noaa.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Rusty ,<br><br></div>I would like to check with you if the following setting you sent out before for restart still works for nsst restart in IPD4?<br><br><div><br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border-width:medium;border-style:none;border-color:currentcolor;padding:0px">   set <span class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747m_1672955237048924081m_-5131739037767760437gmail-il">make_nh</span> = &quot;.F.&quot;<br>   set nggps_ic = &quot;.F.&quot;<br>   set mountain = &quot;.T.&quot;<br>   set external_ic = &quot;.F.&quot;<br>   set warm_start = &quot;.T.&quot;<br>   set na_init = 0<br></blockquote><div><br></div><div>Thanks.<br><br></div><div>Jun<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 12, 2016 at 3:25 PM, Rusty Benson - NOAA Federal <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rusty.benson@noaa.gov" target="_blank">rusty.benson@noaa.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Jun,<div><br></div><div>You were really close with your attempt.  Here are the things we&#39;ve changed for seamless restarts when running multi-year AMIP-style runs with FV3GFS:</div><div><br></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px">   set make_nh = &quot;.F.&quot;<br>   set nggps_ic = &quot;.F.&quot;<br>   set mountain = &quot;.T.&quot;<br>   set external_ic = &quot;.F.&quot;<br>   set warm_start = &quot;.T.&quot;<br>   set na_init = 0<br></blockquote><div><br></div>The current date in coupler_nml is not a big deal as the beginning date and current date are encoded in the coupler.res file.<div><br></div><div>For your own information, the gfs*.nc files are used only for the initial state and could be deleted from the INPUT directory for restart runs.</div><div><br></div><div>Let me know if you have any other questions or issues trying to restart a run.<br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747m_1672955237048924081m_-5131739037767760437m_-9180682945952005302gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">thanks - Rusty</div><div style="font-size:12.8px">--</div><div style="font-size:12.8px">Rusty Benson, PhD</div><div style="font-size:12.8px">Modeling Systems Group</div><div style="font-size:12.8px">NOAA Geophysical Fluid Dynamics Lab</div><div style="font-size:12.8px">Princeton, NJ</div></div></div></div></div></div></div></div><div><div class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747m_1672955237048924081m_-5131739037767760437h5">
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 12, 2016 at 2:24 PM, Jun Wang - NOAA Affiliate <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jun.wang@noaa.gov" target="_blank">jun.wang@noaa.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Rusty,<br><br></div><div>I was trying to run a restart case for fv3 but failed. Would you please let me know if I missed anything to restart fv3? Here is what I did:<br><br></div><div>1) Run fv3gfs for 5 days. I saw a RESTART directory in the run directory with files such as  coupler.res, <a href="http://fv_core.res.nc" target="_blank">fv_core.res.nc</a>, and 6 tiles of files such as <a href="http://fv_core.res.tile1.nc" target="_blank">fv_core.res.tile1.nc</a>, <a href="http://fv_srf_wnd.res.tile1.nc" target="_blank">fv_srf_wnd.res.tile1.nc</a>, <a href="http://fv_tracer.res.tile1.nc" target="_blank">fv_tracer.res.tile1.nc</a> and <a href="http://sfc_data.tile1.nc" target="_blank">sfc_data.tile1.nc</a>.<br><br></div><div>2) In the input.nml, I changed the values of three namelist variable in fv_core_nml:<br><br>warm_start from .F. to .T.<br>external_ic from .T. to .F.<br></div><div>nggps_ic from .T. to .F.<br><br></div><div>3) I copy-ed all the restart files to the INPUT directory under restart run directory. <br><br></div><div>But now I got error message:<br><br>WARNING from PE   145: diag_manager_mod::send_data_3d<wbr>: A value for dynamics in field slp (Min:   7.79516E+002, Max:   1.01180E+003) is outside the range [  8.00000E+002,  1.20000E+003], and not equal to the missing value.<br>...<br><br>forrtl: error (76): Abort trap signal<br>Image              PC                Routine            Line        Source<br>fv3_gfs_nh.prod.6  00000000017951D5  Unknown               Unknown  Unknown<br>...<br></div><div><br>Any clue that what I might do wrong? Thanks.<span class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747m_1672955237048924081m_-5131739037767760437m_-9180682945952005302HOEnZb"><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747m_1672955237048924081m_-5131739037767760437m_-9180682945952005302HOEnZb"><font color="#888888"><div>Jun<br></div><div><br></div><div><br></div></font></span></div>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div><span class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></blockquote></div><span class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><span class="m_-2666310509527696380HOEnZb"><font color="#888888"><br>-- <br><div class="m_-2666310509527696380m_1405262173336165747m_1672955237048924081gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Fanglin Yang, Ph.D.<br>Environmental Modeling Center<br>National Centers for Environmental Prediction<br><a href="tel:(301)%20683-3722" value="+13016833722" target="_blank">301-6833722</a>; <a href="mailto:fanglin.yang@noaa.gov" target="_blank">fanglin.yang@noaa.gov</a><br><a href="http://www.emc.ncep.noaa.gov/gmb/wx24fy/fyang/" target="_blank">http://www.emc.ncep.noaa.gov/g<wbr>mb/wx24fy/fyang/</a><br><a href="http://www.emc.ncep.noaa.gov/gmb/STATS_vsdb/" target="_blank">http://www.emc.ncep.noaa.gov/g<wbr>mb/STATS_vsdb/</a></div>
</font></span></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Ncep.list.fv3-announce mailing list<br>
<a href="mailto:Ncep.list.fv3-announce@lstsrv.ncep.noaa.gov" target="_blank">Ncep.list.fv3-announce@lstsrv.<wbr>ncep.noaa.gov</a><br>
<a href="https://www.lstsrv.ncep.noaa.gov/mailman/listinfo/ncep.list.fv3-announce" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.lstsrv.ncep.noaa.g<wbr>ov/mailman/listinfo/ncep.list.<wbr>fv3-announce</a><br>
<br></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="m_-2666310509527696380gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Dr. Shrinivas Moorthi<br>Research Meteorologist<br>Global Climate and Weather Modeling Branch<br>Environmental Modeling Center / National Centers for Environmental Prediction<br>5830 University Research Court - (W/NP23), College Park MD 20740 USA<br>Tel: <a href="tel:(301)%20683-3718" value="+13016833718" target="_blank">(301)683-3718</a><br><br>e-mail: <a href="mailto:Shrinivas.Moorthi@noaa.gov" target="_blank">Shrinivas.Moorthi@noaa.gov</a><br>Phone:  <a href="tel:(301)%20683-3718" value="+13016833718" target="_blank">(301) 683-3718</a>   Fax: <a href="tel:(301)%20683-3718" value="+13016833718" target="_blank">(301) 683-3718</a><br></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div>